Η Κεντρική Υπηρεσία Βιβλιοθήκης του Πανεπιστημίου Αιγαίου έχει έδρα την Μυτιλήνη και στεγάζεται σε αναπαλαιωμένο νεοκλασικό κτίριο το Κομνηνάκειο Κτίριο.

Το Παράρτημα Βιβλιοθήκης Μυτιλήνης στεγάζεται σε κτίριο στη διεύθυνση Ίμβρου 3.

Το Παράρτημα Βιβλιοθήκης Χίου συστεγάζεται στο Μιχάλειο Κτίριο στη Χίο.

Το Παράρτημα Βιβλιοθήκης Σάμου βρίσκεται στο Καρλόβασι Σάμου και στεγάζεται σε αναπαλαιωμένο νεοκλασικό κτίριο του 1903 το Χατζηγιάννειο Παρθεναγωγείο.

Το Παράρτημα Βιβλιοθήκης Ρόδου βρίσκεται στην Πόλη της Ρόδου στα κτίρια που στεγάζεται το Πανεπιστήμιο Αιγαίου τα οποία οικοδομήθηκαν την εποχή της Ιταλοκρατίας και συγκεκριμένα στον Α΄ όροφο του κτιρίου «Κλεόβουλος».

Το Παράρτημα Βιβλιοθήκης Σύρου στεγάζεται στον πρώτο όροφο του ανακατασκευασμένου κτιρίου του πρώην Βυρσοδεψείου Κορνηλάκη, δύο χιλιόμετρα από το κέντρο της Ερμούπολης.

Το Παράρτημα Βιβλιοθήκης Λήμνου βρίσκεται στη Μύρινα και στεγάζεται στο ισόγειο του Κυδάδειου κτιριου.